A participação dos indígena ocorre em todas as etapas do planejamento, implantação e funcionamento dos Dsei.

A participação acontece especialmente por meio da constituição dos Conselhos Locais e Distritais de Saúde Indígena; por Reuniões Macrorregionais; pelas Conferências Nacionais de Atenção à Saúde dos Povos Indígenas e Fórum Nacional sobre a Política de Saúde Indígena e pela presença de representantes indígenas nos Conselhos Nacional, Estaduais e Municipais de Saúde.

Os Conselhos Locais de Saúde são constituídos por representantes das comunidades indígenas da área de abrangência dos Pólos-Base, incluindo lideranças tradicionais, professores indígenas, agentes indígenas de saúde,
especialistas tradicionais, parteiras e outros.

Os representantes do Conselho Local de Saúde são escolhidos pelas comunidades daquela região, tendo sua indicação formalizada pelo chefe do Distrito. Essa é uma instância privilegiada para articulação com gestores locais para encaminhamento das discussões pertinentes às ações e serviços de saúde.

Os Conselhos Distritais de Saúde são as instâncias de Controle Social, de caráter deliberativo e constituídos, de acordo com a Lei nº 8.142/90. Em sua composição a paridade é de 50% de usuários e 50% de organizações governamentais, prestadores de serviços e trabalhadores do setor de saúde dos respectivos distritos.

Todos os povos que habitam o território distrital são representados entre os usuários. Aos conselheiros que não dominam o português é facultado o acompanhamento de um intérprete.

Os presidentes dos conselhos serão eleitos diretamente pelos conselheiros, que devem elaborar o regimento interno e o plano de trabalho de cada Conselho Distrital.

Os Conselhos Distritais são formalizados pelo presidente da Funasa, mediante portaria publicada no Diário Oficial.

Como forma de promover a articulação da população indígena com a população regional na solução de problemas de saúde pública, é recomendada a participação de seus representantes nos Conselhos Municipais de Saúde.

O Controle Social, no âmbito nacional, é exercido pelo Conselho Nacional de Saúde, assessorado pela Comissão Intersetorial de Saúde Indígena - Cisi, já existente e em funcionamento.