O documento final da conferência atribuiu ao Ministério da Saúde, por intermédio da Funasa, a responsabilidade pelas ações e serviços de saúde voltadas para as comunidades indígenas e destacou o saneamento como um dos principais instrumentos para a promoção de saúde pública no país. O primeiro número da publicação FUNASA em Revista registra parte das atividades realizadas pela Funasa no ano de 2003.