Segundo o atual estatuto da Funasa (Decreto 11.223, de 05 de Outubro de 2022), as competências dos órgãos institucionais são:

Dos órgãos de assistência direta e imediata ao Presidente

Ao Gabinete compete:

I - assistir o Presidente em sua representação política e social;

II - planejar, coordenar e supervisionar as atividades relativas a apoio administrativo; e

III - coordenar as atividades relativas a comunicação social, imprensa, mídias de rede, museu, biblioteca, cerimonial e eventos.

À Diretoria-Executiva, órgão seccional integrante dos Sistemas de Planejamento e de Orçamento Federal e de Administração Financeira Federal, compete planejar, coordenar, acompanhar e supervisionar as atividades relativas a:

I - programas especiais do Governo federal relacionados com a Funasa;

II - elaboração, acompanhamento e avaliação do planejamento estratégico, dos planos anuais de trabalho e do plano plurianual;

III - elaboração de planos, programas e projetos que visem à melhoria da gestão, do desempenho e dos resultados institucionais;

IV - elaboração de propostas subsidiárias ao Projeto de Lei de Diretrizes Orçamentárias;

V - sistematização do processo de planejamento e avaliação das atividades institucionais, de acordo com indicadores de desempenho organizacional, e elaboração do relatório de gestão anual;

VI - gerenciamento administrativo dos acordos com organismos internacionais;

VII - celebração e acompanhamento dos convênios firmados pela Funasa e análise da prestação de contas dos recursos transferidos;

VIII - gestão orçamentária da Funasa; e

IX - elaboração da proposta orçamentária da Funasa, em conjunto com os demais Departamentos.

Dos órgãos seccionais

À Procuradoria Federal Especializada, órgão de execução da Procuradoria-Geral Federal, compete:

I - representar judicial e extrajudicialmente a Funasa, observadas as normas estabelecidas pela Procuradoria-Geral Federal;

II - orientar a execução da representação judicial da Funasa, quando sob a responsabilidade dos demais órgãos de execução da Procuradoria-Geral Federal;

III - exercer atividades de consultoria e assessoramento jurídico no âmbito da Funasa, e aplicar, no que couber, o disposto no art. 11 da Lei Complementar nº 73, de 10 de fevereiro de 1993;

IV - auxiliar os demais órgãos de execução da Procuradoria-Geral Federal na apuração de liquidez e certeza dos créditos, de qualquer natureza, inerentes às atividades da Funasa, para inscrição em dívida ativa e cobrança;

V - zelar pela observância da Constituição, das leis e dos atos emanados dos Poderes públicos, sob a orientação normativa da Advocacia-Geral da União e da Procuradoria-Geral Federal; e

VI - encaminhar à Advocacia-Geral da União ou à Procuradoria-Geral Federal, conforme o caso, pedido de apuração de falta funcional praticada por seus membros.

À Auditoria Interna compete:

I - proceder ao controle interno, fiscalizar e examinar os resultados quanto à economicidade, à eficácia e à eficiência da gestão orçamentária, financeira, contábil, patrimonial, de pessoal e dos demais sistemas administrativos e operacionais da Funasa;

II - assessorar o Presidente da Funasa para o cumprimento dos objetivos institucionais, prioritariamente na supervisão e no controle interno administrativo;

III - realizar auditorias e emitir relatório sobre a execução física e financeira e os resultados obtidos na aplicação dos recursos, relativamente aos programas e às ações sob a responsabilidade da Funasa;

IV - examinar e emitir parecer sobre a prestação de contas anual da Funasa e sobre as tomadas de contas especiais;

V - editar as normas e estabelecer as diretrizes da área da Auditoria Interna, em conjunto com as demais unidades da Funasa;

VI - acompanhar o atendimento às diligências e a implementação das recomendações dos órgãos e das unidades do Sistema de Controle Interno do Poder Executivo Federal e do Tribunal de Contas da União; e

VII - elaborar o Plano Anual de Atividades da Auditoria Interna e o Relatório Anual de Atividades de Auditoria Interna.

À Corregedoria, órgão setorial do Sistema de Correição do Poder Executivo Federal, compete:

I - planejar, coordenar, executar e avaliar as atividades disciplinares e de correição no âmbito da Funasa;

II - requisitar ou instaurar, a partir de representações e de denúncias, sindicâncias, incluídas as patrimoniais, processos administrativos disciplinares e demais procedimentos correcionais para apurar responsabilidade por irregularidades praticadas no âmbito da Funasa;

III - decidir sobre as propostas de arquivamento de denúncias e representações;

IV - encaminhar ao Presidente da Funasa, para julgamento, os processos administrativos disciplinares e de sindicância;

V - propor o encaminhamento, ao Ministro de Estado da Saúde, para julgamento, dos processos administrativos disciplinares cujas penalidades propostas sejam demissão, suspensão superior a trinta dias, cassação de aposentadoria ou disponibilidade, destituição de cargo em comissão e destituição de função comissionada; e

VI - exercer as demais competências previstas no art. 5º do Decreto nº 5.480, de 2005.

À Ouvidoria, órgão setorial do Sistema de Ouvidoria do Poder Executivo Federal no âmbito da Funasa, compete:

I - receber, analisar, diligenciar, monitorar e dar tratamento às manifestações encaminhadas à Funasa, na forma estabelecida na Lei nº 12.527, de 18 de novembro de 2011;

II - exercer as atividades de ouvidoria previstas nos art. 13 a art. 17 da Lei nº 13.460, de 26 de junho de 2017;

III - promover a participação do usuário na avaliação dos serviços da Funasa, em cooperação com outras entidades de defesa do usuário do serviço público;

IV - auxiliar na prevenção e na correção dos atos e procedimentos incompatíveis com os princípios estabelecidos na legislação; e

V - propor a adoção de medidas para a defesa dos direitos do usuário, em observância às determinações legais.

Ao Departamento de Administração compete:

I - planejar, coordenar e supervisionar, na condição de órgão seccional, as atividades relacionadas com os Sistemas de:

a) Administração dos Recursos de Tecnologia da Informação - Sisp;

b) Administração Financeira Federal;

c) Contabilidade Federal;

d) Gestão de Documentos de Arquivo - Siga;

e) Organização e Inovação Institucional do Governo Federal - Siorg;

f) Pessoal Civil da Administração Federal - Sipec;

g) Planejamento e de Orçamento Federal; e

h) Serviços Gerais - Sisg; e

II - planejar, coordenar e supervisionar a implementação de atividades relativas às seguintes áreas:

a) pessoal, patrimônio, compras e contratações;

b) análise, elaboração e fiscalização de projetos de engenharia relativos aos edifícios públicos sob responsabilidade da Funasa;

c) descentralização de créditos e transferência de recursos para as unidades descentralizadas, quando autorizadas pela Diretoria-Executiva;

d) desenvolvimento institucional, organização, qualidade, normatização e racionalização de instrumentos, métodos e procedimentos de trabalho;

e) utilização, manutenção e modernização dos recursos de tecnologia da informação;

f) definição de padrões, diretrizes, normas e procedimentos para transferência de informações e serviços de informática no âmbito da Funasa; e

g) execução orçamentária e financeira.

Dos órgãos específicos singulares

Ao Departamento de Engenharia de Saúde Pública compete coordenar, planejar e supervisionar a execução das atividades relativas a:

I - formulação de planos e programas de saneamento e engenharia voltados para a prevenção e o controle de doenças, em consonância com as políticas públicas de saúde e saneamento;

II - formulação e implementação de ações de saneamento e engenharia, em consonância com a política do Subsistema Nacional de Vigilância em Saúde Ambiental;

III - cooperação técnica com os Estados, o Distrito Federal e os Municípios, para a melhoria da gestão dos sistemas públicos de saneamento;

IV - acompanhamento gerencial de ações em saneamento fomentadas pela Funasa;

V - acompanhamento e análise de projetos de engenharia relativos a obras financiadas com recursos da Funasa; e

VI - fiscalização e acompanhamento das obras de engenharia financiadas com recursos da Funasa.

Ao Departamento de Saúde Ambiental compete planejar, coordenar, supervisionar e monitorar a execução das atividades relativas a:

I - formulação e implementação de ações de promoção e proteção à saúde ambiental, em consonância com a política do Subsistema Nacional de Vigilância em Saúde Ambiental;

II - apoio às ações de controle e vigilância da qualidade da água para consumo humano, de forma articulada com seus respectivos responsáveis, conforme critérios e parâmetros estabelecidos pelo Ministério da Saúde;

III - apoio ao desenvolvimento de estudos e pesquisas na área de atuação da Funasa; e

IV - fomento à educação em saúde ambiental.

Das unidades descentralizadas

Às Superintendências Estaduais compete coordenar, supervisionar e desenvolver as atividades da Funasa, em suas respectivas áreas de atuação.